美国的科学家成功将人工设计的碱基,即自然界中原本并不存在的碱基,插入一种细菌的基因组中。这些带有人工碱基的细菌又成功复制了人造的遗传物质,并产生了后代,出现了可持续繁殖的半人工生命。这意味着,科学家向生物基因组里加入了两个新的人造“零件”。利用这些新的“零件”,科学家或许会创造出更复杂的生物,并合成自然界没有、而人工方法又不易合成或提纯的药品。
碱基“写成”生命的DNA
根据科学分析,每一个人拥有400万亿个细胞。除了红血球外,人体细胞都拥有一个由46种染色体组成的细胞核,染色体本身又由DNA构成。DNA分子由两条很长的糖链结构形成“骨架”,通过碱基对结合在一起,就像梯子一样。整个分子环绕自身中轴形成一个双螺旋。在形成稳定螺旋结构的碱基对中,共有4种不同碱基。依据它们英文名称的首字母,分别被称为A、T、C、G,对应的中文名称分别为:腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤。此外,还有一种碱基U,即尿嘧啶,只出现在另外一种遗传物质RNA里。
这些自然界原本就有的碱基,有各自固定的搭配,例如,A总与T配对,G总与C配对。这些碱基沿着DNA“骨架”排列。多个碱基的独特顺序就构成一个基因,就像“字母”组合成“词语”一样。而每个基因可能会有几百甚至几万个碱基组合。因此,地球上所有生命的DNA都由A、T、C、G这些“字母”写成,一切生物多样性都由它们承载。三十八亿年来,地球上的生命都是遵从这一规律的安排繁衍生长。
科学家却不满足这样的规律。早在20世纪60年代,已经有科学家在思考,生命是否能用其他化合物存储遗传信息。但直到1989年,人类才获得实质性突破。瑞士联邦技术中心的斯蒂芬·本纳将特殊形式的C和G碱基加入DNA。这些碱基被研究者称为“滑稽字母”,但结果并不滑稽,反而相当振奋人心——DNA在试管中能自我复制,并能转录成RNA,合成蛋白质。
近些年来,还有不少关于“新碱基”的报道。但它们要么不能稳定复制,要么是利用生物体内的“普通”碱基修饰而来,在严格意义上,都不是真正的“新碱基”。
2014年3月27日,纽约大学的一个研究团队报告了生物合成学领域的一次重大飞跃:他们重新设计并合成了一条酵母菌的染色体,并把这条染色体成功整合进活体酵母菌细胞之中。而携带这条合成染色体的酵母菌细胞表现正常,与野生酵母菌细胞几乎一模一样,而且比野生酵母菌多了些新的功能。研究团队负责人、遗传学家杰夫·伯克认为,这是一项具有里程碑意义的研究成果,“就像第一个人类基因组测序完成一样”。
从试管进入活细胞
美国加州斯克里普斯研究所资深科学家弗洛伊德·罗姆斯伯博士对此有更大胆的想法:制造全新的碱基。他说:“设想一下,如果英语只有四个字母,比如有三个辅音和一个元音,也许可以写几个词,用它讲几个粗糙的故事。但是如果多几个字母,人们就能多写很多东西。能够储存更多的信息,能写更有意思、更复杂、更微妙的词,更好的讲故事。”
“地球上所有生命仅源自两个DNA组合,即A-T和C-G的多样性,目前我们复制的这种生物体包含着第三对非自然DNA组合。不是说我觉得生命‘需要’更多的遗传信息,但是我认为,如果我们给生命以使用更多字母的能力,我们对它的理解会深入很多,也能开发出更多种类的药物。”因此弗洛伊德·罗姆斯伯的团队致力于创造一对新的互补碱基,其结构和已知碱基完全不同,并把它放进了最常见的实验室细菌——大肠杆菌里。
2014年5月,他们首次将人工设计的碱基——即自然界中原本并不存在的碱基——插入大肠杆菌基因组。当大肠杆菌复制时,这些人造碱基也成功复制了,而且至少能复制24轮。这些带有人工碱基的大肠杆菌产生了后代,制造出了可持续繁殖的半人工生命。这是弗洛伊德·罗姆斯伯尝试的三百多种人造碱基中,第一个能被细胞的复制机制识别的碱基组合。这种含有人工碱基的DNA有望改造现有生命形态,指导生物体合成前所未有的蛋白质类型,拓宽蛋白质功能。“这非常激动人心。”得克萨斯奥斯汀大学的罗斯·泰尔在《自然》上发表评论说,“从试管到活细胞是巨大的进步。”
罗姆斯伯介绍说,他们研究新碱基已经有15年。他们先人工合成各种碱基类似物,然后测试产物是否能被负责复制DNA的聚合酶识别。在约300种化合物中,筛选出了60种候选组合。从2008年开始,该团队试图从候选组合里寻找全新的“碱基配对”,在3600种组合中,他们发现d5SICS和dNaM很有希望,将其命名为X和Y。实验证明,这对人造碱基在试管中能自我复制,而且被转录成了RNA。不过,它们的配对有些勉强,不像普通碱基那样稳定。
虽然使用了X和Y的代号,但是罗姆斯伯说,这对碱基的真正名字是d5SICS—dNaM。“这挺尴尬的,我们的名字糟透了。这名字只是非常复杂的化学名的简写。”罗姆斯伯解释道,因为他的实验室过去几年里探索了如此多的人工碱基,“我们没法给每个都起上诸如X、Y、α或者β这样可爱的名字——实在太多了。”实际上,研究中更大的挑战在于“体内实验”,如果新DNA不能在生物体内稳定存在并复制,那么这项研究的意义就会黯淡许多。
可能创造更复杂生物
那么,科学家是如何将人工制造的碱基组合插入到生命体中,来扩展“生命字母表”的呢?他们的办法非常巧妙:某种藻类植物的叶绿体基因被编入大肠杆菌后,能合成特殊的转运蛋白,可将新“零件”——人工碱基转入细菌体内。含有一对新碱基的DNA顺利进入大肠杆菌,当大肠杆菌成长并分裂时,新碱基也跟着DNA一起复制。罗姆斯伯提供的数据显示,人工碱基至少复制了24轮,并维持了近一周时间。当人工碱基不再供给时,大肠杆菌用天然碱基替代了它们。这显示新技术具有极高的安全性。即使有细菌逃逸到自然环境中,因为没有人工碱基,所以注定死去或用天然碱基。
在研究中,机构研究人员介绍说,将人工合成碱基组合植入活体生物细胞需要克服诸多困难,比如,人工碱基对需要与天然碱基对融合以保持DNA结构稳定。此外,DNA在自我复制及转录的过程中,人工碱基组合必须能在拉链样结构的DNA链中成功地“分分合合”,还要避免被DNA修复机制当作“外来者”而清除掉。所以,实验必须要克服这些困难。
虽然此次研究中的人工碱基对还不能参与制造新型蛋白质,但从理论上说,引入X-Y碱基,新增加两个字母,DNA就有望从4进制升格为6进制,6种碱基意味着更多的排列组合,更庞大的氨基酸编码库,可将构成蛋白质的氨基酸提升到172种,而目前生物体内的蛋白质是由20种基本氨基酸构成的。
“有没有可能添加更多的碱基呢?”罗斯·泰尔在《自然》的评论中说,“能不能用这些新零件创造出更复杂的生物呢?”
看来,完全人造的生命或许都不再是空想。在评论的结尾处,罗斯·泰尔说,“而今的遗传学发现了一种机制,可以诞生更加丰富的生物形态,并有可能创造更加美好的生物学未来”。
实际上,科学家对人工碱基的研究并非只是为了兴趣和对生命的理解,而是为了人类医学药物的发展。人工碱基的引入可以修饰生物的DNA,利用这些生物体,可以合成自然界没有、而人工方法又不易合成、提纯的药品。例如,开发这种人工碱基的斯科瑞普研究所已经成立了一家公司,尝试用这一新技术研发新的抗生素、疫苗和其他产品,尽管距离实际应用还有相当的距离,但这一小步已开启了无限的未来。
(作者为天津广播大学民生学院助理研究员)