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哲学：
马克思主义哲学整体性研究；马克思主义哲学与当代世界发展问题研究；马克思主义哲学中国化、时代化、大众化研究；马克思恩格斯历史观研究；列宁唯物辩证法思想研究；毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观研究；社会主义核心价值观研究；马克思主义哲学的文化观研究；社会发展与人的全面发展研究；国外马克思主义哲学流派研究。
儒学与中国哲学的现代转型研究；中国传统政治哲学与制度伦理学研究；中国哲学与马克思主义哲学中国化的交融研究；中国哲学与西方哲学比较研究；中国近现代思潮研究；中国哲学范式转换研究；经学研究；经典解释学与典籍整理研究；简帛研究。
外国哲学经典著作译释研究；外国哲学史、断代史和国别史研究；现象学研究；当代分析哲学研究；马克思主义经典作家伦理思想研究；当代西方伦理思潮研究；中西伦理文化比较研究；社会民生问题的伦理学研究；当代中国民族伦理与宗教伦理调查研究；当代科技领域道德疑难问题研究。
马克思主义科学思想和技术思想研究；技术哲学基础理论研究；科技哲学基础分支与新兴分支研究；模态逻辑的代数基础与哲学基础研究；异释逻辑与经典逻辑比较研究；自然语言逻辑研究；中国古代逻辑思想研究；马克思主义美学研究；美学建设与方法论创新研究；跨文化语境与中国美学的世界意义研究；美学流派研究；汉语语言学美学和符号学美学研究。
宗教学：
马克思主义宗教观研究；中国特色社会主义宗教理论体系研究；马克思主义宗教学学科体系研究；新兴宗教及其对我国的影响研究；各宗教历史、流派及其思想理论研究；百年中国宗教研究精华集成；无神论研究；中外政教关系研究；发挥宗教界人士与信教群众在当代中国发展中的积极作用研究；民族宗教学研究；东西方宗教交流对中国社会影响研究；中国宗教生态学建设研究；宗教界对外交往研究；佛道教文化艺术研究；佛道教经典整理研究；世界佛教史研究；区域道教史研究；基督教与中国对外关系研究；宗教文化与非物质文化遗产研究；中国文化及其宗教因素研究；中国宗教院校模式研究等。
经济学：
马克思主义经济学中国化研究；中国特色社会主义经济理论体系研究；加快转变经济发展方式的体制机制改革创新研究；“十二五”时期我国经济运行新特征与对策研究；宏观经济运行规律研究；国家经济安全研究；“十二五”时期调整和优化投资结构研究；构建扩大内需长效机制研究。
战略性新兴产业研究；自主创新政策国际比较研究；重化工业发展研究；发展现代服务业对策研究；粮食安全政策的国际比较与对策研究；现代农业可持续发展研究；林权制度改革跟踪研究；完善城镇化布局研究；我国特大城市承载力研究；主体功能区战略研究；综合配套改革试验区研究；生态经济研究；海洋经济发展战略研究；低碳经济与循环经济研究；国际气候变化博弈与我国对策研究；新能源和可再生能源发展战略研究；“十二五”时期综合交通体系建设研究；基本公共服务均等化路径研究。
“十二五”时期居民收入和经济同步增长研究；迈过“中等收入陷阱”的战略选择研究；就业政策评估研究；劳资关系研究；我国人口红利及其对经济发展的影响研究；构建社会主义公共财政理论体系研究；我国宏观税负合理性研究；优化分税制财政管理体制研究；社会保障税、房地产税、资源税、环境税、个人所得税、遗产税和赠与税、公益性捐助的税收问题研究。
主要经济体货币政策研究；人民币汇率形成机制研究；我国外汇储备问题研究；金融资产结构合理化研究；房地产、股票市场资产价格风险研究；债券市场研究；行为金融学等跨学科研究；构建中国特色国际贸易理论与政策体系研究；应对贸易保护主义研究；知识产权贸易与创新型国家建设研究；行业协会在对外贸易中的作用研究；开放经济条件下双边贸易差额评估研究；我国海外投资风险及对策研究；文化产业国际竞争力研究；空间计量经济学模型研究；数量经济学方法在创新型国家测度中的应用研究；国防经济资源保障研究；国外经济学理论前沿问题研究；中外经济思想史专题研究。
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