石斑鱼全基因组序列图谱绘制完成

    本报广州3月18日电(记者吴春燕)中山大学和华大基因今天召开新闻发布会,宣布石斑鱼基因组序列图谱绘制完成。这是我国完成的第3个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,也是世界上首个鲈形目 科石斑鱼类基因组序列图谱。

    石斑鱼是典型的雌雄同体雌性先熟鱼类,到高龄时会自然发生性别转变。在石斑鱼全基因组测序的基础上,将能鉴别石斑鱼性别调控的基因并揭示石斑鱼性别分化和性别转化的相关功能基因的作用机制,对于揭示整个脊椎动物性别决定机制的形成及进化途径有非常重要的理论价值,对于建立鱼类性别控制的生物技术途径具有重要意义。

    石斑鱼全基因组序列图谱绘制完成,将提供大量的重要性状相关功能基因和分子标记,有利于从功能基因组角度揭示石斑鱼生长、发育、营养、代谢、繁殖、遗传、免疫等重要生命现象的分子机制,建立石斑鱼品种改良的理论基础,为建立石斑鱼基因组辅助育种技术,快速培育抗病、抗逆、优质、高产的优良品种奠定重要基础。

    石斑鱼基因组测序采用的是全基因组鸟枪法测序(WGS)策略,使用Illumina基因组分析仪(Hiseq 2000)测序技术。项目组通过条件摸索和样品筛选,克服了石斑鱼基因组高杂合度的问题,分别构建了170bp、500bp、800bp、2kb等不同插入片段长度的文库,进行双末端测序,得到数据总量约为60Gp。石斑鱼基因组大小约为1.1Gb,拼接组装所获得的序列Contig N50的长度为15.7kb,Scaffold N50的长度超过180kb,基因区覆盖度超过90%。目前,项目组正在加紧绘制石斑鱼全基因组的精细图谱。

    华大基因尹烨说:“石斑鱼基因组测序项目是华大基因‘千种动植物基因组计划’的合作项目之一,华大基因在海洋生物研究领域已经取得了一系列卓越的成就,先后合作完成了牡蛎基因组序列图谱和半滑舌鳎基因组序列图谱的绘制工作,开辟了我国水产生物研究的基因组时代。”