6月30日,约20万埃及民众在开罗解放广场举行示威活动,抗议穆尔西就任一年来埃及的经济和安全更加糟糕。7月1日,埃及军方首脑向政府发出最后通牒,要求在48小时内结束全国的政治危机,但遭总统穆尔西拒绝。7月3日,埃及军方以顺应民意为由宣布“废黜”穆尔西的总统职务。随后,穆斯林兄弟会(穆兄会)的支持者发起多场大规模游行示威。8月14日,埃及警方对穆兄会支持者的静坐地点进行清场,清场行动以及埃及全国穆兄会支持者与世俗自由派之间的暴力冲突共造成八百多人死亡。一度令埃及和阿拉伯人引以自豪的“阿拉伯之春”风光不再。
10月9日,埃及政府宣布,正式取消穆兄会注册的非政府组织资格。同一天,美国宣布暂停对埃及的部分援助。分析人士认为,埃及当局解散穆兄会意在进一步打压其势力,并为政治过渡进程清障。未来,埃及过渡进程基本将按照军方设定的政治路线图推进。