萨马兰奇担任国际奥林匹克委员会主席长达21年。萨马兰奇在任内成功推动了奥运会商业化,使国际奥委会脱离了财政危机。2001年7月16日萨马兰奇在国际奥委会第112次全会上正式退休,罗格接替他成为国际奥委会主席。
罗格称赞萨马兰奇“把一生的精神和热诚奉献给了国际奥林匹克运动。只有现代奥林匹克之父顾拜旦比他在国际奥林匹克运动的成长中影响更大”。4月21日,萨马兰奇因突发心脏病医治无效在西班牙巴塞罗那逝世,享年89岁。
萨马兰奇同时也是饱受争议的人物。2002年盐湖城奥运会贿选丑闻引起国际社会强烈反响,萨马兰奇面临着巨大的下台压力,16名奥委会委员受到惩罚。萨马兰奇在任期间对违禁药品的检测力度不足也是被攻击的原因。