知识创新工程是国家创新体系建设的重要组成部分。1998年,党中央、国务院作出建设国家创新体系的重大决策,决定由中国科学院开展知识创新工程试点。十一五期间(2006年—2010年)实施知识创新工程三期。目前,试点目标任务已经完成,在战略高技术、重大公益性创新和重要基础前沿研究领域取得了一批重大创新成果,带动了国家创新体系建设,提高了科技支撑经济社会发展能力和我国科学技术的国际竞争力、影响力。
在量子结构与量子信息研究、纳米科技研究等基础研究方面;在高性能通用芯片与专用芯片、万亿次超级计算机及服务器等战略高技术方面;在系统认知我国资源、环境、生态变化规律,重大自然灾害预警与长周期气候预报等提供新的方法、技术与手段,营养、健康、重大疾病预防和生物安全等经济社会可持续发展研究方面,取得了一系列重要成果。